Pengibaran bendera merah putih dilakukan oleh Latief Hendraningrat dan Suhud. Bendera pusaka sempat dipindahkan karena keamanan. Pada 4 Januari 1946, presiden, wakil presiden, dan para menteri pindah sementara ke Yogyakarta.
Ketika itu, bendera merah putih dibawa dan dikibarkan di Gedung Agung. Ketika Yogyakarta jatuh ke tangan Belanda, tanggal 19 Desember 1948 bendera pusaka diungsikan oleh Husein Mutahar, ajudan Ir. Soekarno. Lalu bendera diberikan kembali pada presiden Soekarno pada 6 Juli 1949.
Kemudian tanggal 17 Agustus 1949, bendera merah putih kembali dikibarkan di halaman gedung Agung. Bendera pusaka terakhir dikibarkan di Istana Merdeka pada 17 Agustus 1968, ketika masa kepemimpinan Presiden Soeharto.
Baca Juga: Apa yang Akan Terjadi Setelah Satu Suro? Simak Jawaban Dibawah, Hati-hati
Alasannya karena bendera pusaka warnanya mulai memudar dan rapuh. Akhirnya, bendera pusaka disimpan dalam Ruang Bendera Pusaka di Istana Merdeka.
Aturan ketentuan penggunaan ukuran bendera Merah Putih
1. 200 cm x 300 cm untuk penggunaan di lapangan Istana kepresidenan
2. 120 cm x 180 cm untuk penggunaan di lapangan umum
3. 100 cm x 150 cm untuk penggunaan di ruangan
4. 36 cm x 54 cm untuk penggunaan di mobil Presiden dan Wakil Presiden
5. 30 cm x 45 cm untuk penggunaan di mobil Pejabat Negara;
6. 20 cm x 30 cm untuk penggunaan di kendaraan umum
7. 100 cm x 150 cm untuk penggunaan di kapal
8. 100 cm x 150 cm untuk penggunaan di kereta api
9. 30 cm x 45 cm untuk penggunaan di pesawat udara